Se le llama flora bacteriana al conjunto de elementos bacterianos, de distintas especies, que vive en perfecto equilibrio en un mismo terreno (bacterias buenas). Por ejemplo, el intestino del hombre es la sede habitual de una proliferación bacteriana que contribuye a su buen funcionamiento, sintetizando vitaminas que el organismo no consigue sintetizar (como en el caso de la vitamina K y algunas del complejo B).
Cuando se produce cualquier alteración de este equilibrio, puede darse el caso de que predominen algunas especies, a veces patógenas, sobre otras, con la consiguiente aparición de manifestaciones clínicas.
Se regeneran constantemente y las que ya han muerto se eliminan por medio de las heces. Los antibióticos son los principales enemigos de la flora bacteriana.